jueves, 17 de noviembre de 2011

Inbreeding evidence in a traditional channel catfish (Ictalurus punctatus) hatchery in Mexico, Now Published

Abstract


Background: Channel catfish are one of the most important aquaculture species raised for food purposes in Mexico. Two temporal samples were obtained from the largest channel catfish breeding hatchery in Mexico to identify changes in genetic diversity and inbreeding that are promoted by traditional hatchery management. Results: The genetic parameter analysis of 11 microsatellite loci showed no significant change in genetic diversity (p > 0.05). However, a significant heterozygosis deficiency was detected (p < 0.001), and genetic structure analysis indicated moderate differentiation between the temporally divided populations (FST = 0.08). A moderate level of inbreeding and a slight increase of the inbreeding coefficient from 0.23 to 0.27 were the result of traditional hatchery practices. To achieve an effective population size, the temporal approach resulted in a limited number of breeders to maintain genetic variability. Conclusions: Although no significant change in genetic diversity parameters was found, the heterozygote deficiency and low effective number of breeders suggest that there is a risk for increased inbreeding. Thus, we propose the need for controlled reproductive management and the establishment of genetic programs in hatcheries. Molecular tools can provide valuable information to facilitate the achievement of these goals.
Keywords: channel catfish, effective population size, genetic diversity, inbreeding 









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martes, 18 de octubre de 2011

ADVANCES AND PERSPECTIVES OF GENOMICS BIOTECHNOLOGY APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION IN MEXICO

 RESUMEN


El desarrollo de la biotecnología genómica en el área animal, ha sido promovido como una realidad necesaria en México, y sus objetivos se enfocan fundamentalmente en el desarrollo, establecimiento e implementación de técnicas y métodos moleculares en beneficio de los sistemas pecuarios del país. En esta revisión se define el concepto de la biotecnología genómica y cómo el conocimiento de las herramientas moleculares y de los marcadores genéticos, derivados de esta disciplina puede ayudar a la ganadería (sobre todo enfocada a los sistemas productores de carne bovina), al mejoramiento en la producción y calidad de sus productos, y finalmente, exponer algunas perspectivas de aplicación para los sistemas de producción pecuaria en México.

Palabras clave: Biotecnología genómica; ganadería; marcadores genéticos.
 
 
SUMMARY


Development of genomic biotechnology for animal sciences has been promoted as a reality in Mexico; and its objectives are focused in development and establishment of molecular technique and methodologies to be applied for improvement of livestock production. The present review defines the concept of genomics and how the knowledge of the molecular tools and genetic markers may help to livestock systems (focused in beef cattle systems), their production and quality of their products, and finally, to present some perspectives of current application for animal production systems in Mexico.

Key words: Genomic biotechnology; livestock; genetic markers.
 





 Forthcoming as Review in:
 2011 (3)  Tropical and Subtropical Agroecosystems
 http://www.ccba.uady.mx/ojs/index.php/TSA/article/view/1143/624

viernes, 12 de agosto de 2011

Laboratorio de Biotecnología Animal del Centro de Biotecnología Genómica del Instituto Politécnico Nacional

En las últimas décadas, el desarrollo de las técnicas moleculares, ha revolucionado el estudio de todas las ciencias biológicas, la aplicación de estos conocimientos y herramientas en el área animal ha permitido complementar las formas tradicionales de crianza, ya que se genera información sobre la genética de poblaciones, los niveles de biodiversidad y el potencial productivo de los recursos genéticos.



El Laboratorio de Biotecnología Animal del Centro de Biotecnología Genómica (LBA), se fundó en 1º de Junio de 2000, con el objetivo de contribuir en el diseño, evaluación y establecimiento de estrategias para el mejoramiento genético y explotación sustentable de especies domésticas, acuáticas y silvestres, estudiándolas a nivel poblacional, productivo y genético-molecular.



Después de diez años fue necesaria la reestructuración de las Líneas de Investigación de acuerdo al desarrollo y evolución natural del Laboratorio y anexión de nuevo personal, así como a la consecuencia de los hallazgos de investigación generados en el LBA, de tal suerte que actualmente las Líneas de Investigación vigentes son:



Análisis genético-molecular de especies domésticas, acuáticas y silvestres.


El objeto de esta línea es el de fomentar la conservación de la diversidad genética de las especies animales de interés económico y ecológico, que además de promoverse como una estrategia de protección de las principales fuentes alimenticias animales, representa la oportunidad de mantener un patrimonio biológico con potencial para ser utilizado como de fuente de variación, que permita a las poblaciones animales cambiar y adaptarse a diferentes ambientes y necesidades productivas. Los métodos moleculares para describir la diversidad dentro de las especies se han empleado en una amplia gama de mamíferos y han generado información valiosa referente a estrategias de conservación y explotación sustentable. Algunas de las especies que han sido estudiadas son, el Lobo Gris Mexicano, Borrego Cimarrón, Venado Cola Blanca, Venado Bura y Bagre de Canal.

En esta línea de investigación el LBA, se ha enfocado en la genotipificación de diferentes especies domesticas y silvestres, actualmente el venado cola blanca y el bagre de canal son las especies en las que hemos centrado nuestro interés, en estas se han realizado trabajos que actualmente han sido publicados y transferidos a los diferentes usuarios del sector acuícola y ganadero diversificado.




Desarrollo e Identificación de marcadores moleculares asociados a características productivas en bovinos

El uso de marcadores moleculares para asistir el manejo y selección de especies domésticas como el ganado bovino, es una tecnología novedosa que se basa en el conocimiento que hasta la fecha se ha generado en el análisis de los genomas. Las aplicaciones potenciales de esta herramienta molecular, van desde el establecimiento exacto de paternidades, hasta la determinar si los progenitores son portadores de enfermedades ó defectos genéticos ó para establecer la presencia de variantes génicas asociadas a características económicamente importantes. Una de las principales ventajas de esta tecnología, es que se pueden alcanzar en menor tiempo los objetivos del mejoramiento deseado en un hato sobre todo en el caso de aquellas características que son que son difíciles ó costosas de medir, por ejemplo: composición y calidad de la canal, eficiencia alimenticia, eficiencia reproductiva y resistencia y predisposición a enfermedades genéticas.



Desarrollo e Identificación de marcadores moleculares asociados a resistencia a pesticidas en garrapatas



Actualmente, las garrapatas son uno de los principales problemas en los diferentes sistemas de producción bovina de México y en particular de la franja fronteriza, dada la gran relevancia que representa su prevalencia e incidencia en el momento de la comercialización internacional.



De la misma manera, las perdidas por la incidencia de enfermedades transmitidas por especies de garrapatas en ganado bovino son substanciales, y relacionadas con el uso indiscriminado de pesticidas para su control.



La búsqueda de genes que directamente o indirectamente se asocien a la resistencia de las garrapatas a los principales pesticidas es uno de los enfoques que se abordan en el LBA, y que ofrecen un gran potencial para su control.













viernes, 5 de agosto de 2011

New paper on Channel catfish inbreeding evidence soon...

Inbreeding evidence in a traditional channel catfish (Ictalurus punctatus) hatchery in Mexico



Abstract

Background: Channel catfish are one of the most important aquaculture species raised for food purposes in Mexico. Two temporal samples were obtained from the largest channel catfish breeding hatchery in Mexico to identify changes in genetic diversity and inbreeding that are promoted by traditional hatchery management. Results: The genetic parameter analysis of 11 microsatellite loci showed no significant change in genetic diversity (p >0.05). However, a significant heterozygosis deficiency was detected (p <0.001), and genetic structure analysis indicated moderate differentiation between the temporally divided populations (F ST = 0.08). A moderate level of inbreeding and a slight increase of the inbreeding coefficient from 0.23 to 0.27 were the result of traditional hatchery practices. To achieve an effective population size, the temporal approach resulted in a limited number of breeders to maintain genetic variability. Conclusions: Although no significant change in genetic diversity parameters was found, the heterozygote deficiency and low effective number of breeders suggest that there is a risk for increased inbreeding. Thus, we propose the need for controlled reproductive management and the establishment of genetic programs in hatcheries. Molecular tools can provide valuable information to facilitate the achievement of these goals.


Soon to be published in: Electronic Journal fo Biotechnology: http://www.ejbiotechnology.info/index.php/ejbiotechnology/issue/next

martes, 26 de julio de 2011

Now published K Casein article

Convenient genotyping of nine bovine K-casein variants

Abstract



K-casein gene polymorphisms are of major importance in the dairy industry due to their association with different quality and productive traits (i.e., milk protein). Several methods for genotyping this gene have been proposed; however, none are focused on the simultaneous discrimination of nine K-casein variants. A strategy based on PCR-RFLP was designed to characterize nine K-casein variants (A, B, C, E, F2, G, H, I and J) and used to genotype three cattle populations: Gyrholando (3/8 Gyr x 5/8 Holstein), Charolais and Carora. The B variant was the most frequent in the Charolais and Carora breeds, with allelic frequencies of 0.60 and 0.59, respectively. In the Gyrholando breed, four variants were found, with the A variant being the most frequent and E and H the least. The genotyping strategy was effective in detection and differentiation of K-casein variants, and it is proposed for use in laboratories with minimal molecular biology equipment for genotyping and evaluation of the phenotypic effects of nine K-casein variants on milk production and quality.

Keywords: Milk proteins, milk quality, protein genes



Now Available in:



http://www.ejbiotechnology.info/index.php/ejbiotechnology/article/viewFile/v14n4-10/1350